W biogazowniach stosuje się szereg zabezpieczeń i nowoczesnych rozwiązań, które mają kontrolować i zapobiegać możliwości zanieczyszczenia otoczenia podczas eksploatacji. Przyjęte środki bezpieczeństwa chronią przez nadmierną emisją metanu i innych substancji do atmosfery i wód podziemnych i powierzchniowych. Biogazownie pod tym względem wyróżniają się niebywałą skutecznością. Stosuje się zatem takie rozwiązania jak hermetyczność instalacji. Podczas każdego etapu tworzenia biogazu, produkty fermentacji wychwytywane i gromadzone są w szczelnych zbiornikach.
Kolejnym zabezpieczeniem jest odsiarczanie gazu przed dostarczeniem go do generatora energii elektrycznej. Wykorzystuje się tutaj napowietrzanie i aktywny węgiel. Przed wydostawaniem się metanu zapobiega pochodnia gazowa. Substraty wykorzystywane w fermentacji dodatkowo przechodzą przez procesy higienizacji i sterylizacji. Zbiorniki są wyposażone również w specjalne zabezpieczenia przed przepełnieniem. Dodatkowo stosuje się wiele innych rozwiązań, dzięki którym szkodliwy wpływ biogazowni jest nikły. Gdy jedno z zabezpieczeń zawiedzie, są inne które nie dopuszcza do wycieków.